Противопаказан ацидофилин при индивидуальной непереносимости, аллергии на продукт, гастрите.
Чрезмерное употребление ацидофилина также может привести к повышению уровня кислотности в желудке. Это проявляется в виде изжоги и чувства дискомфорта в животе. Аллергическая реакция на ацидофилин обычно проявляется в виде сыпи.